Kegiatan Ekstrakurikuler di MTS Muhammadiyah 01 Purbalingga, di maksudkan agar siswa siswi memiliki kemampuan dan keterampilan tambahan, sebagai bekal untuk melangkah kedepannya, adapun ekstrakurikulernya adalah sebagai berikut :
- Merakit komputer, menginstallasi komputer, memperbaiki komputer dan jaringan komputer
- Kegiatan Pramuka
- Kegiatan HW “ Hizbul Wathan”
- PMR ( Palang Merah Remaja )
- Kegiatan ECC “ English Conversation Club”
- Olahraga Beladiri “ Tapak Suci ”
- Kegiatan olahraga Sepak Bola “ Football Club “
- Keputrian bagi siswi putri